明治30年（1897）にド･ロ神父の指導で敷地が造成され、明治32年（1899）から建設計画が進行、大正9年（1920）に完成した、遠藤周作の小説『沈黙』の舞台ともなった黒崎の地に建つ教会です。
聖堂は信徒が奉仕と犠牲の結晶として一つひとつ積み上げたレンガで造られています。煉瓦造、平屋、桟瓦葺（さんかわらぶき）の簡素な構成が煉瓦の美しさを際立たせ、深い奥行を持つ内部はリブ･ヴォールト天井と呼ばれ、ステンドグラスが印象的です。付属する鐘楼は隠れキリシタンの帰依を願って設置されたものです。

※教会内は一般公開されていますが、見学には十分な配慮をお願いします。